U žalbenom postupku obrana ne može uvoditi nove dokaze. Njihov je cilj stoga pokazati da je prvostupanjsko vijeće pogrešno protumačilo dokazni materijal koji je predstavljen tijekom glavne rasprave. Odvjetnici Gotovine i Markača pokušat će dokazati da nije bilo prekomjernog granatiranja Knina, Gračaca, Obrovca i Benkovca, te na taj način srušiti tezu o udruženom zločinačkom pothvatu.
Odvjetnici Gotovine i Markača pred sudom tvrde, pozivajući se na izjave svjedoka, da civilno stanovništvo iz Krajine nije bježalo zbog agresije HV-a, već zbog naredbe o evakuaciji koju je izdala vlada tzv. Republike Srpske Krajine. Tužiteljstvo priznaje da je naređenje o evakuaciji postojalo, ali ističe da je ono izdano prekasno i da nije imalo presudan utjecaj na progon Srba iz Krajine.
Kao dokaz prekomjernog granatiranja, prvostupanjsko vijeće prihvatilo je granate koje su pale u radijusu većem od 200 metara od legitimnih vojnih ciljeva. Takvih granata u Kninu je bilo najmanje 50, u Benkovcu najmanje 10, u Gračacu najmanje četiri, a u Obrovcu najmanje dvije.
No, obrana ističe da je Oriejevo sudsko vijeće samoinicijativno uvelo pravilo o radijusu od 200 metara, odnosno da se tužiteljstvo u prvostupanjskom postupku na to pravilo nije pozivalo, niti je obrana imala priliku iznijeti kontra argumente.
Odvjetnici Gotovine i Markača ujedno tvrde i da je došlo do zamjene teza, odnosno da obrana mora dokazati da nisu granatirana civilna područja, umjesto da tužiteljstvo dokaže da jesu. Tužiteljstvo, s druge strane, tvrdi da meta topništva HV-a nisu bili vojni ciljevi u navedenim gradovima, već čitavi gradovi.
Obrana također osporava tvrdnju da je na civilna područja u Kninu palo najmanje 50 granata HV-a. Najmanje 40 od tih granata, tvrde odvjetnici, ispalili su pripadnici srpskih oružanih snaga, kada su 4. kolovoza 1995. gađali konvoj UN-a u Kninu.
Čak i ako obrana dokaže da Knin, Gračac, Obrovac i Benkovac nisu prekomjerno granatirani, pitanje je hoće li to biti dovoljno za rušenje teze o UZP-u. Tužiteljstvo, naime, ističe da je neosporno da je Krajina etnički očišćena, te da je prognanicima onemogućen povratak u njihove domove. No, čak i ako UZP ostane, sud bi mogao zaključiti da su Gotovina i Markač u njemu igrali minornu ulogu, te im na račun toga smanjiti kaznu.
Zapovjedna odgovornost dio je optužnice od kojeg se Gotovina i Markač gotovo sigurno neće izvući. Nesporno je da su hrvatski vojnici za vrijeme i nakon Oluje činili ratne zločine nad Srbima, kao i da dobar dio tih zločina nije sankcioniran.
Tužiteljstvo tvrdi da su optuženi generali morali biti svjesni da od takvih zločina postoji realna opasnost, ali se svejedno nisu dovoljno angažirali na prevenciji i sankcioniranju zločina. Teze obrane da su generali djelovali u najboljoj namjeri, odnosno da su vjerovali da njihovi podređeni ispunjavaju svoje dužnosti, za sud sasvim sigurno neće biti dovoljno uvjerljive.
Gotovinu od zapovjedne odgovornosti ne može apsolvirati ni tvrdnja njegovih odvjetnika da je nakon Oluje otišao u Bosnu i Hercegovinu, s obzirom da je i dalje bio glavni zapovjednik HV-a u Zbornom području Split.
Nema, međutim, nikakve sumnje da bi Gotovinu i Markača zadovoljilo već i osporavanje prekomjernog granatiranja, odnosno rušenje teze o njihovom sudjelovanju u UZP-u. Ukoliko ih na koncu budu teretili samo po zapovjednoj odgovornosti, Gotovina može maksimalno dobiti desetak godina zatvora, a Markač vjerojatno i manje.
Podsjećamo, Gotovina je u haškom pritvoru od prosinca 2005., a Markač od prosinca 2008. godine.