U vihoru revolucionarnih ratova koji su krajem 18. stoljeća potresali Europu, dogodio se presedan bez premca u novijoj crkvenoj povijesti: papa je uhićen, lišen svjetovne vlasti i odveden u progonstvo. Dana 20. veljače 1798. francuske revolucionarne snage ušle su u Rim, proglasile Rimsku Republiku i zarobile papu Pija VI., čime je privremeno okončana višestoljetna papinska vlast nad Papinskom Državom.
Izbijanjem Francuske revolucije 1789. novi revolucionarni režim zauzeo je izrazito neprijateljski stav prema Katoličkoj crkvi. Ukinute su crkvene privilegije, oduzeta imovina, a svećenici su morali prisegnuti na lojalnost državi. Pio VI. oštro je osudio revolucionarne mjere, osobito Građanski ustav za kler, čime je dodatno produbio sukob s Parizom.
Kako su revolucionarne vojske širile utjecaj Francuske izvan njezinih granica, sukob je prerastao u otvoreni rat. Tijekom Napoleonove talijanske kampanje 1796.-1797. Papinska Država bila je prisiljena na teške ustupke i plaćanje ratne odštete. Ipak, napetosti nisu splasnule.
Povod za konačni obračun bio je incident u Rimu u prosincu 1797., kada je u nemirima poginuo francuski general. Francuska je to iskoristila kao izgovor za intervenciju. U veljači 1798. francuske trupe pod zapovjedništvom generala Louisa-Alexandre Berthiera ušle su u Rim bez većeg otpora.
Ubrzo je proglašena Rimska Republika, po uzoru na francuski revolucionarni model. Papinska svjetovna vlast ukinuta je, a 80-godišnji Pio VI. uhićen je i prisiljen napustiti Rim. Bio je to dramatičan simbolički čin: poglavar Katoličke crkve postao je politički zatvorenik.
Papa je najprije odveden u Sienu, zatim u Firencu, a potom preko Alpa u Francusku. Putovanje je bilo iscrpljujuće, a njegovo zdravstveno stanje sve lošije. Na kraju je smješten u gradu Valenceu, gdje je preminuo 29. kolovoza 1799. godine.
Njegova smrt u zatočeništvu izazvala je snažan odjek u katoličkom svijetu. Francuske vlasti isprva su čak razmatrale mogućnost da se ne dopusti izbor novog pape, no konklava je ipak održana u Veneciji 1800. godine, gdje je izabran njegov nasljednik, Pio VII.
Zarobljavanje Pija VI. označilo je vrhunac sukoba između revolucionarne Francuske i papinstva. Iako je Papinska Država privremeno ukinuta, ubrzo je obnovljena nakon sloma Francuske revolucije i Napoleonova pada.
Ovaj događaj pokazao je koliko je papinska politička moć bila ranjiva u doba snažnih nacionalnih i revolucionarnih pokreta. Istodobno, učvrstio je duhovni autoritet papinstva u očima mnogih vjernika, jer je papa viđen kao mučenik političkih previranja.
Epizoda iz 1798. ostala je jedan od najdramatičnijih trenutaka u odnosima između Crkve i modernih država - trenutak kada je rimski biskup, stoljećima i duhovni i svjetovni vladar, postao zatočenik revolucionarne ideologije.