DA Bi jedna povijest počela druga mora završiti, a igrači Hajduka na najbolji su se mogući način oprostili od Jugolige 8. svibnja 1991. godine.
U napetoj političkoj situaciji i čudnoj atmosferi na tribinama Bijeli su pobijedili Crvenu Zvezdu na stadionu JNA u Beogradu sjajnim pogotkom Alena Bokšića. Ta pobjeda i trofej posljednjeg jugoslavenskog Kupa značio je i puno više, jer se baš tih dana Crvena Zvezda okitila naslovom prvaka Europe. Niti mjesec dana nakon finala Kupa Hajduk je u Zrenjaninu odigrao posljednju utakmicu u Prvenstvu Jugoslavije pobijedivši Proleter s 3:2. Posljednji pogodak u toj je ligi postigao Ardijan Kozniku koji će svojim golgeterskim sposobnostima obilježiti i početak natjecanja u Hrvatskoj nogometnoj ligi.
Predsjednik Hajduka tada je bio Stjepan Jukić - Peladić, a prva sezona HNL-a započela je u veljači 1992. godine, a trajala je svega četiri mjeseca. Ipak, odigrala su se čak 22. kola, a susreti su bili na rasporedu gotovo svaka tri dana. Hajduk je sjajno startao, upisao šest uzastopnih pobjeda, pa remi protiv Osijeka i poraz od Inkera. Uslijedio je novi niz od devet pobjeda i tri remija u 12 utakmica. Na koncu Hajduk je bio prvi sa 16 pobjeda, četiri remija i dva poraza, tri boda ispred Zagreba. Pobjeda je tada donosila dva boda. Najbolji strijelac prvog prvenstva bio je Kozniku s 12 pogodaka.
Međutim u Amsterdamu je europski izlet Hajduka završio najvećim porazom Splićana u euro natjecanjima, 0:6. te je sezone Hajduk ponovo osvojio naslov prvaka Hrvatske, a nakon 34. kola bod je pobjegao drugoplasiranom Zagrebu. Ključnom se pokazala utakmica četiri kola prije kraja, kada je u Kranjčevićevoj Hajduk slavio s 1:0, golom Zorana Vulića iz slobodnog udarca. Dvostruka kruna ipak je ostala nedostižna, a bolja je u polufinalu bila Rijeka.
Četvrtfinale Lige prvaka - posljednji veliki uspjeh u Europi
U sezoni 94/95 Bijeli doživljavaju svoj procvat. U finalu kupa su u obje utakmice svladali Croatiju, a u prvenstvu su pobjegli Modrima jedan bod i na kraju osvojili dvostruku krunu. Presudna je bila utakmica tri kola prije kraja, kada su na Poljudu Splićani svladali Croatiju sa 3:1. Te sezone Hajduk je i napravio veliki rezultat u Europi. U pretkolu Lige prvaka Hajduk je prošao varšavsku Legiju s ukupno 5:0. U skupini C igrali su sa Benficom, Steauom i Anderlechtom, a na koncu su sa šest bodova bili drugoplasirani, plasiravši se u četvrtfinale Lige prvaka. Prva četvrtfinalna utakmica završila je mršavim remijem 0:0 na Poljudu, da bi kao i godinu ranije Ajax razbio Bijele u uzvratu i prošao u finale s 3:0. U toj sezoni udarne Katalinićeve snage bili su Gabrić, Butorović, Peršon, Hibić, Štimac, Andrijašević, Vulić, Rapaić, Mornar, Asanović, Meštrović, Slavica, Računica, Pralija, Erceg i Vučević.
Pod predsjedničkom paskom Željka Kovačevića u sezoni 1998/99 Hajduk je smanjio prednost i sa samo 13 bodova manjka dočekao kraj sezone na drugom mjestu. Godinu kasnije Hajduk je doživio novi udarac, sa šest bodova manje od Dinama i pet od Rijeke, bijeli su sezonu završili na trećem mjestu, najlošijem otkako je države Hrvatske. U tih pet godina Bijeli su promijenili čak sedam trenera, redom Mirka Jozića, Ivana Buljana, Luku Bonačića. Tomislava Ivića, opet Bonačića, Zorana Vulića, Ivana Katalinića i Ivicu Matkovića. Jedina svijetla točka u tom nizu bila je odlična generacija kadeta i juniora predvođena Pletikosom, Miladinom, Lekom i drugima, koja je 2000. godine uspjela donijeti treći put hrvatski kup na Poljud, svladavši u finalu Dinamo sa (2:0, 0:1, pod vodstvom Pere Nadoveze. U međuvremenu Bijeli nisu briljirali ni u europskim natjecanjima, a često su ispadali od puno lošijih protivnika, a još češće nisu imali sreće u ždrijebu. 1996. godine izbacio ih je Torpedo, 97` Schalke, 98` Fiorentina pa Levski Sofija.
Vulić donio prvi naslov nakon šest godina
U novi milenij pod presjedavanjem Branka Grgića ušao je jedan drugi Hajduk. Za trenera je postavljen Zoran Vulić, a okosnicu igrača činili su igrači ponikli u omladinskom pogonu. Završni dio sezone, Ligu za prvaka, Hajdukovci su odigrali superiorno uz osam pobjeda, neodlučenim u Koprivnici i minimalnim porazom u Maksimiru čime su nadoknadili pet bodova zaostatka za Dinamom nakon prvog dijela natjecanja. Vrhunac sezone bila je utakmica u Varaždinu kojeg su preplavile tisuće navijača Bijelih iz cijele zemlje. Nakon pobjede Hajdukovaca od 4:2 počelo je slavlje u Splitu. Hajduk je nakon šest dugih godina osvojio naslov prvaka Hrvatske.
Za Hajduk su tada igrali Pletikosa, Miladin, Rendulić, Sablić, Carević, Miše, Đolonga, Đuzelov, Musa, Leko, Deranja, Bošnjak, Andrić, Bubalo, M. Bilić i Lalić. Uspjesi na domaćem planu pokazali su stanoviti pomak i na međunarodnom planu. Nakon ispadanja od Dunafera godinu ranije, Hajduk je prvo nakon jedanaesteraca preskočio Ferencvaros da bi onda na Poljudu u prvoj utakmici trećeg pretkola golom Mate Bilića svladao Mallorcu. Hajduk je ipak ispao nakon produžetaka u uzvratu i gola Alberta Luquea.
Iduće sezone trofejna sala u Poljudu obogaćena je za još jedno Rabuzinovo sunce. U finalnim susretima Kupa Hajduk je lako nadigrao pulski Uljanik s 1:0 , 4:0. U prvenstvu Hajduk je bio drugi, osam bodova iza Dinama, a u Europi je ispao od Fulhama. Navijači Hajduka i danas se sjećao kako je Japanac Junichi Inamoto na gol crti izbio udarac glavom Mate Neretljaka i tako spasio Fulham od ispadanja.
I sljedeća sezona bila je izvanredna za Hajduk u europskom smislu. Eliminirali su finsku Haku pa švicarski Grasshopper da bi u 2. kolo kupa Uefa ispali od talijanske Rome s minimalnih 2:1. Tunel Pere Krpana Zebini i gol Blatnjaka u uzvratnoj utakmici za vodstvo Hajduka i dan danas prepričavaju se u Splitu. Krajem te sezone na klupu se vraća Zoran Vulić i Bijeli od samog početka sljedeće kreću pobjednički. Vodeću poziciju nakon prvog dijela zadržavaju i u Ligi za prvaka, a proslava naslova prvaka opet je bila protiv Varteksa, samo ovog puta pobjedom od 2:0 na Poljudu. Pri samom kraju prvenstva Vulić je dobio otkaz, a naslovom prvaka okitio se vatrogasac Pero Nadoveza. Za Hajduk su tada igrali Blatnjak, Carević, Andrić, Bule, Pralija, Krpan, Turković i Deranja.
Stigao Kranjčar, prošao i Ćiro
Pretvorba uspješna, ali i dalje bez rezultata
Godinama gomilani financijski problemi sve su više počeli pritiskati klub, pa se početkom 2008. godine Hajduk našao pred stečajem. Izlaz se međutim, našao u primjeni odredaba Zakona o športu o pretvorbi kluba u športsko dioničko društvo. Pretvorba je uspješno obavljena uz odaziv navijača, grada Splita i nekolicine bogatih poduzetnika, pa je Hajduk registriran kao prvo športsko dioničko društvo u Hrvatskoj. Svašta se događalo pod predsjedništvom Željka Jerkova i Mate Peroša, dok Hajduk napokon nije postao dioničko društvo.
Trebalo je to predstavljati spas za Hajduk, međutim na koncu su Poljud okupirali raznorazni ljudi koji nemaju veze s nogomet, a koje je gradonačelnik Splita Željko Kerum postavio na to mjesto. Naime, prodajom dionica grad Split postao je većinski vlasnik Hajduka, tako da je sve konce u rukama imao Kerum. 2009. godine na čelo Hajduka postavio je Joška Svagušu za predsjednika, a ovaj je doveo braću Sharbini u klub, kao i talijanskog trenera Edoarda Reju, kako bi se nakon pet godina napokon napravilo kakav rezultatski pomak u odnosu na Dinamo. Svaguša je napravio dobar posao, kao i Edoardo Reja, međutim Talijan je napustio Hajduk prije proljetnog dijela prvenstva.
Špaco donio iskorak u Europi
Njegovo mjesto zauzeo je Stanko Poklepović, koji je napravio veliku stvar na koncu osvojivši Hrvatski kup nakon šest godina. Uslijedila je velika fešta u klubu, a Špaco je poveo momčad i sljedeće godine u juriš na naslov prvaka u godini jubileja. Imperativ je bio europski rezultat, a Stanko Poklepović i njegovi puleni napravili su ono što nitko nije mogao ni zamišljati. Prošao je dva nositelja u pretkolu Europske lige, Dinamo iz Bukurešta i Unireu, plasiravši se po prvi put nakon 14 godina u skupinu jednog europskog natjecanja.
Hajduk je u skupini nije proslavio, upisao je jednu pobjedu i pet poraza, međutim domaća pobjeda protiv Anderlechta najveći je Hajdukov doseg desetljeća. Međutim napori u Europi ostavili su traga na partijama Bijelih u prvenstvu. Počeli su se redati loši rezultati i Poklepović je to platio glavom. Naslijedio ga je Goran Vučević kojem je ostavljen težak posao u nastavku HNL, pet bodova iza zagrebačkog Dinama. Ne samo to, nego je na jubilarnu stotu godišnjicu kluba Hajduk u zimskom prijelaznom izgubio dva ponajbolja igrača Senijada Ibričića i Ivana Strinića, a nije doveo niti jedno pojačanje.