U PET godina od kada je siromašnije Uefino natjecanje poprimilo "ligaški" format, Dinamo se tri puta uspješno u njega ugurao i tamo igrao epizodnu ulogu.
> Škotski mediji: Dinamo je u velikoj formi
> Igrači i vodstvo Heartsa u nevjerici zbog maksimirskog travnjaka
> Jurčićev recept za Europsku ligu: Ostaviti srce na Maksimiru
> Škotski navijači ljuti na kapetana Heartsa: "Stewart je sramota!"
> Nervozni kapetan Heartsa Stewart: Suci nas ne vole
> Sammir: Škote moramo eliminirati već u Zagrebu
U sezoni 2004/05, kada se prvi put igrao preoblikovani Kup Uefa, Dinamo je kao vice-prvak Hrvatske u 2. pretkolu izvukao slovensko Primorje iz Ajdovšćine.
Prvu utakmicu je dobio 4:0. Iako su Slovenci u uzvratu izborili pirovu pobjedu 2:0 u prvo kolo - kvalifikacije za natjecanje po skupinama otišao je dakako Dinamo.
Švedski Elfsborg je bio "protivnik po mjeri" i Dinamo je nakon pobjede 2:0 kod kuće i uzvrata u Švedskoj bez golova izborio ždijeb za skupinu koji mu je donio Stuttgart, Benficu, Heerenveen i Beveren.
Sastav Dinama koji je pobjedom nad Elfsborgom 2:0 (strijelci Karić i Bošnjak) izborio prvu Dinamovu "Ligu Uefa":
Vasilj; Ješe, Mijatović, Milinović - Bošnjak, Agić, Mujčin, Pranjić - Kranjčar - Karić, Zahora
Tablica i Dinamovi rezultati u skupini Kupa Uefa 2004/05:
1. Stuttgart 9 4 3 0 1 10:3
2. Benfica 9 4 3 0 1 9:5
3. Heerenveen 7 4 2 1 1 6:6
4. Dinamo 4 4 1 1 2 9:7
5. Beveren 0 4 0 0 4 2:15
Dinamo - Beveren 6:1
Benfica - Dinamo Zagreb 2:0
Dinamo - Heerenveen 2:2
Stuttgart - Dinamo 2:1
Dvogodišnja rupa u znaku Lige za ostanak i "crne mačke" - Auxerrea
Sljedeće sezone 2005/06 Dinamo je mogao samo snivati Ligu Uefa jer je prethodne sezone njegova realnost bila "Liga za bedaka". Za utjehu mu ostaje kako je tamo bio "prvak."
2006/07 Dinamo je u 3. pretkolu Lige prvaka ispao od Arsenala pa je momčad Josipa Kužea (taj trener je vodio Dinamo i kada ih je isti klub izbacio u pretkolu Kupa Uefa '89) bezuspješno pokušala izboriti skupinu Lige Uefa protiv Auxerrea.
Francuzi su slavili u prvoj utakmici na Maksimiru 2:1, a još uvjerljiviji su bili u uzvratu (3:1) i Dinamo je i te godine ostao bez barem "europske jeseni".
Sastav Dinama koji je porazom kod Auxerrea 1:3 (Da Silva - Jelen 2, Mathis) propustio izboriti "Ligu Uefa":
Turina, Ćorluka, Mamić, Cvitanović, Drpić, Vugrinec, Modrić, Carlos, Eduardo, Etto.
Utjehu zbog Werdera i Šahtara pronašli u Ajaxu i Sparti
Pretprošlog ljeta, početkom sezone 2007/08 Dinamo je bio opasno blizu Ligi prvaka, ali je Diego pokazao da ipak nije mnogo gori od Modrića i Werder je otišao u Ligu prvaka, a Dinamo je u 1. kolu Kupa Uefa izvukao Ajax.
Amsterdamski klub je slavio 1:0 na Maksimiru, ali je u uzvratu Mandžukić bio bolji od Huntelaara i Dinamo je nakon produžetaka i pobjede 3:2 otišao u "ligaški" dio natjecanja.
Sastav Dinama koji je pobjedom nad Ajaxom 3:2 (Modrić, Mandžukić 2 - Huntelaar 2) izborio "Ligu Uefa" 07/08:
Koch, Drpić, Etto, Čale, Schildenferd, Vukojević, Pokrivač, Modrić, Sammir, Tadić, Mandžukić
Tablica i Dinamovi rezultati u skupini Kupa Uefa 2007/08:
1. Hamburg 10 4 3 1 0 7:1
2. Basel 8 4 2 2 0 3:1
3. Brann 4 4 1 1 2 3:4
4. Dinamo 2 4 0 2 2 2:5
5. Rennes 2 4 0 2 2 2:6
Dinamo Zagreb - Basel 0:0
Brann - Dinamo 2:1
Dinamo - Hamburg 0:2
Rennes - Dinamo 1:1
Početak sezone 2008/09 Dinamu je u Europi obilježilo ispadanje u 3. pretkolu Lige prvaka od Šahtara nakon čega je u 1. kolu Kupa Uefa izvučena Sparta.
Prva utkmica na Maksimiru je završila 0:0 a Dinamo je, kao i godinu ranije, zbog gol(ov)a u gostima izborio plasman u skupinu jer je u Pragu rezultat bio 3:3.
Sastav Dinama koji je remijem 3:3 sa Spartom u Pragu (Kulič, Kladrubsky 2 - Morales, Lovren, Badelj) izborio "Ligu Uefa" 08/09:
Butina (12' Kelava), Ibanez, Carlos, Bišćan, Lovren, Vrdoljak, Sammir,Mikić, Mandžukić, Drpić, Morales
Tablica i Dinamovi rezultati u skupini Kupa Uefa 2008/09:
1. Udinese 9 4 3 0 1 6:4
2. Tottenham 7 4 2 1 1 7:4
3. NEC 6 4 2 0 2 6:5
4. Spartak 4 4 1 1 2 5:6
5. Dinamo 3 4 1 0 3 4:9
Dinamo - NEC 3:2
Tottenham - Dinamo 4:0
Dinamo - Spartak 0:1
Udinese - Dinamo 2:1