NEDUGO nakon završetka igračke karijere, Pep Guardiola je počeo trenirati B momčad Barcelone. U svibnju 2008. godine tadašnji predsjednik Barcelone, Juan Laporta objavio je da će Franka Rijkaarda na klupi katalonskog kluba zamijeniti Guardiola.
Na Bernabeu Barcelona s Guardiolom zabila šesticu
Prvi Guardiolin zadatak bio je riješiti se starijih nogometaša: Ronaldinha, Gianluce Zambrotte, Deca i Samuela Eto`oa. Ronaldinho i Zambrotta su "otjerani" u Milan, Deco je otišao u Chelsea, a kamerunski napadač je ipak odigrao još jednu sezonu Barceloni. Pep nije samo prodavao, iz Seville je doveo Daniela Alvesa i Seydoua Keitu, Gerarda Piquea je vratio iz Manchester Uniteda. Iz "svog" B tima u prvi je prebacio Sergija Busquetsa, Pedra Rodrigueza i Jeffrena Suareza.
Debi na klupi Barcelone je imao na Nou Campu protiv Wisle. Tu utakmicu Barcelona je pobijedila s 4:0, ali je zatim uvezala dva poraza. Najprije u uzvratu u Krakowu, a zatim i Numancia pobjeđuje Barcelonu.
Međutim tada Guardiolina momčad uvezuje 20 utakmica bez poraza i osvaja naslov prvaka Španjolske, prvi put od 2006. godine. Utakmica na Santiago Bernabeu 2. svibnja je odlučila tu sezonu. Barcelona je ponizila Real sa 6:2. Deset dana kasnije Pep je osvojio i Kup Kralja. U finalu je s 4:1 nastradao Athletic Bilbao.
Najmlađi trener koji je osvojio Ligu prvaka
Za kraj sezone iz snova, Guardiola je u Barcelonu donio i Ligu prvaka. U finalnom meču u Rimu Barcelona je s 2:0 pobijedila Manchester United, a Guardiola postao najmlađi trener koji je osvojio to natjecanje.
Sljedeću sezonu Katalonci su započeli velikim transferom. U Inter je otišao Samuel Eto´o i 49 milijuna eura za Zlatana Ibrahimovića. Kasnije će se ovaj Guardiolin potez pokazati kao velika pogreška. Sezona 2009/10 je počela onako kako je prethodna završila. Dva trofeja u 14 dana. Najprije Super Kup Španjolske, a zatim i europski. Na kraju 2009. godine Barcelona je osvojila još jedan trofej. Nogometaši Pepa Guardiole postali su i klupski prvaci svijeta. Bio je to rekordni šesti trofej za Barcelonu u toj godini, a Guardiola je postao prvi trener kojem je to pošlo za rukom.
Rivalstvo Guardiola - Mourinho
Nakon toga kao da je došlo do zasićenja kod nogometaša Barcelone. Ispali su iz kupa od Seville, a zatim ih je u polufinalu Lige prvaka izbacio Mourinho s Interom. Bio je to početak rivalstva Pepa i Josea. Ipak je Barca osvojila španjolsko prvenstvo, a Guardiola postao jedini trener Barcelone koji je pobijedio Real u četiri uzastopna El Clasica.
Ibrahimović se samo godinu zadržao u Barceloni, a zatim se ponovo vratio u Milano. Ovaj put ne u Inter već u Milan. Guardiola je sredinom 2010. potpisao novi dvogodišnji ugovor. Barcelona je sezonu 2010-11 započela obranom naslova španjolskog Super Kupa. U prvom El Clasicu te sezone Guardiola je taktički uništio Mourinha, a Barcelona na terenu Real s 5:0.
Polufinale Lige prvaka donijelo je novi okršaj velikih rivala, ali Mourinho ponovo nije pronašao recept za Barcelonu. S ukupnih 3:1 Guardiolina momčad izborila je finale u kojem je istim rezultatom ponovo pobijedila Manchester United.
Ipak je Real nakon dugo vremena osvojio trofej. Finale Kupa Kralja odlučio je Ronaldo pogotkom iz 103. minute i donio prvi trofej Mourinho otkako je u Madridu.
U tjedan dana ga srušili Mourinho i Di Matteo
Posljednja, četvrta sezona započela se s dva velika pojačanja. Barcelona je za 26 milijuna eura dovela Alexisa Sancheza iz Udinesea, a tri milijuna više su dali Arsenalu za Cesca Fabregasa.
Ponovo je Barcelona osvojila Super Kup Španjolske pobjedom nad Realom, a zatim i europski Super Kup kada je s 2:0 svladala Porto. Uspješnu 2011. godinu zaključila je osvajanjem Interkontinentalnog kupa protiv Santosa. Bio je to i posljednji Guardiolin trofej, 13. u 16 natjecanja.
Sljedeća godina donijela je razočarenja. "Kraljevi" su odnijeli sva tri boda s Nou Campa i nakon tri sezone vratili naslov u Madrid. Chelsea je zaustavio Barcelonu u polufinalu Lige prvaka, a Guardiola odlučio napustiti katalonski klub.
Barcelona je pod vodstvom Guardiole igrala nestvarno. U 242 utakmice pobijedila je 175 puta, a samo 21 utakmicu su izgubili Katalonci. Blaugrana je postigla i 618 golova, a primila njih 178. Guardiola je 2011. godine proglašen za najboljeg trenera u izboru FIFE.